Vor allem im 17. Jahrhundert erfuhr die Kirche starke Veränderungen. Man gab den Westchor endgültig auf und der erhöhte abgeschrankte Bereich der Kanoniker wurde bis auf das Niveau des Langhauses abgetragen. Dabei fand man das Grab des Kirchengründers Pilgrim.
In den Turm wurde ein Doppelportal eingebrochen und eine Bühne für die Orgel eingebaut.
Die Kirche war nun eindeutig nach Osten, zum Kleeblattchor hin orientiert. Dort errichtete man einen neuen Hochaltar. Die beiden Figuren der heiligen Petrus und Paulus sind davon erhalten.
Am Ende des 18. Jahrhunderts brach man die Pfarrhalle ab und baute eine barocke Vorhalle. Schon seit 1670 stand in der Nordkonche der Hauptaltar der Pfarre. Dort befand sich ein Altar, der der hl. Katharina von Alexandrien geweiht war. Das zu diesem Altar gehörende Bild steht bis heute dort.